Sequence Alignment digunakan untuk mengetahui kemiripan urutan dari dua sekuen DNA. Algoritma Needleman-Wunsch merupakan salah satu algoritma pensejajaran global yang menggunakan keseluruhan panjang urutan sekuen DNA. Pada penelitian ini algoritma tersebut diterapkan pada sistem aplikasi berbasis website untuk menentukan tingkat kemiripan urutan DNA maleo (Macrocephalon Maleo) yang merupakan satwa endemik sulawesi, dengan pembanding gosong kaki-merah (Megapodius Reinwardt) yang memiliki persebaran global. Hasil pensejajaran sekuen DNA maleo (Macrocephalon Maleo) dan gosong kaki-merah (Megapodius Reinwardt) pada sistem aplikasi berbasis website memiliki tingkat kemiripan rata-rata sebesar 83,39?n nilai gap rata-rata sebesar 8,42%.
Kata kunci: Sequence Alignment, Needleman-Wunsch, Website, Maleo, Gosong kaki-merah